长链非编码RNA常用数据库
1. lncRNABase
http://starbase.sysu.edu.cn/mirLncRNA.php
提供miRNA调控长非编码RNA(lncRNA)、假基因(pseudogene)和环状RNA(circRNA)的互作信息和ceRNA调控网络。构建了最全面的包含了14癌症类型(>6000个样本)Pan-Cancer(泛癌)表达图谱和互作网络。这些调控互作网络信息是基于高通量的CLIP-Seq实验数据。2. LNCipedia
http://www.lncipedia.org
对人类的长链非编码RNA的序列和结构全面的注释。
3. ChIPBase
http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/
提供长链非编码RNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释。整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。
4. lncRNAdb
http://www.lncrnadb.org/
提供有生物学功能的长链非编码RNA的全面注释。这是长链非编码RNA研究领域的大牛John mattick实验室构建的网站。
5. LncRNADisease
http://cmbi.bjmu.edu.cn/lncrnadisease
提供了文献报道的疾病相关的长链非编码RNA的注释。
6. NONCODE
http://www.noncode.org
提供对长链非编码RNA的全面注释,包括表达和该团队开发的ncFANs计算机软件预测的lncRNA功能。这是非编码RNA研究的知名数据库,已经更新到第三版。
7. NRED
http://jsm-research.imb.uq.edu.au/nred/
提供人和小鼠的长链非编码RNA在芯片数据的表达信息。这也是John mattick实验室构建的网站。
环状RNA(circular RNA,circRNA)数据库
1. circRNABase
http://starbase.sysu.edu.cn/mirCircRNA.php
整合已发表的circRNA数据,构建miRNA与circRNA以及circRNA与RNA结合蛋白(RBP)的互作网络。
2. circBase
http://www.circbase.org/
收集和整合已经发布的circRNA数据构建的数据库。
3. circ2Traits
http://gyanxet-beta.com/circdb/
收集与疾病或性状相关的circRNA数据库。
微环DNA表达双靶向抗体的癌症免疫治疗技术成为继CAR-T技术(“嵌合抗原受体T细胞免疫疗法”)、TIL技术(“肿瘤渗润淋巴细胞技术)、免疫检查点抑制剂等技术之后又一项获得成功的新一代治疗技术。